目前學術上關於分子模擬的電腦軟體有非常多種，而不同的模擬系統所針對的分子模擬特性及環境也不大相同，因此在進行模擬前須先選擇適合的工具，才能使實驗能更接近實際的情形。
在此將介紹的分子模擬系統為「Gromacs系統」
Gromacs系統，全名為Groningen Machine for Chemical Simulations，是於1991年由荷蘭的Groningen大學生物物理學化學學系所開發，並由Groningen大學、Uppsala大學、Stockholm大學及Max Planck 高分子研究所共同維護[1]，主要是適用於研究生物分子體系的分子動力學系統[2]，可用於計算分子動力學和進行能量最小化，其特點為可以很快的計算且靈活的加入實驗中需要設定的特定參數，以此運算出分子構型的最低能量狀態，而使我們得知分子在特定環境下可能的構型為何。
GROMACS 雖然作為分子動力學模擬的重要軟體之一，但其實其不具有特殊的力場，其力場與OPLS、 AMBER還有 ENCAD等軟體通用[1]，故其為一個非常靈活且相對容易操作的分子模擬軟體系統。
GROMACS 為一免費的軟體可在網站www.gromacs.org 中下載。
參考資料
[1] Van Der Spoel, D., Lindahl, E., Hess, B., Groenhof, G., Mark, A. E., & Berendsen, H. J. (2005). GROMACS: fast, flexible, and free. Journal of computational chemistry, 26(16), 1701-1718.
[2] http://wenku.baidu.com/view/ed9d4610f18583d0496459a9.html